Цитата: Да, регистрация объекта недвижимости на ФЛ, без упоминания статуса ИП.
Всё правильно, иначе и не бывает.
Цитата: Расходы на строительство в ИП не учтены, так как продажа планировалась изначально от ФЛ, а сейчас необходимо продать через ИП. Строительство дома окончено осенью 2021г
Ещё можно учесть, внеся исправления в КУДиР и подав уточнённую декларацию за 2021 год (если документы, подтверждающие расходы, сохранились).
Цитата: Дом никем никак не использовался, был построен на продажу.
Учитывайте тогда его по аналогии с готовой продукцией, производимой плательщиками единого налога. Тем более, и объект налогообложения вам это позволяет.
Цитата: Я так понимаю мы должны составить договор купли-продажи и акт передачи недвижимости покупателю.
Да, продажу объектов недвижимости принято оформлять именно такими документами. Номер акта возьмите из программы, а в программе проведите как обычную реализацию ГП.